Obstacles for Constructing Rules

Irregular verbs
お待ちになる (to wait) → 待つ　　Good
お越しになる (to come) → 越す 　N.G. : 来る
Phonemic changes
cause no side effect
したのです ⇔ したんです
cause side effects (inflection forms are different)
いらっしゃります ⇔ いらっしゃいます
Technical issue:
How to write the paraphrasing rules?